Okulumuz 03.12.1999 tarihinde Manisa Merkez Taytanlı İlhan İlköğretim Okulu binasının bir koridorunda 21 öğrenciyle eğitim öğretim faaliyetine başlamıştır. Bu arada Keçiliköy'deki 3050 M2lik okul arsası Zihinsel Engellileri Koruma ve Eğitime Derneği Başkanı Aysu Akdede tarafından Manisa Belediyesi'nden satın alınarak İl Özel İdaresi Başkanlığı'na bağışlanmıştır. Binamızın kaba inşaatı hayırsever İlhami BİLGİNER tarafından eşinin isminin verilmesi koşuluyla yaptırılmış, ince inşaatı ise Manisa Valiliği tarafından yaptırılarak 01.02.2003 tarihinde hizmete girmiştir. Öğretmen Şükran Bilginer Eğitim Uygulama Okulu ve İş Eğitim Merkezi ismiyle eğitim-öğretim faaliyetine 2011–2012 eğitim öğretim yılına kadar devam etmiştir. 2011–2012 eğitim öğretim yılında okul binasının tamamlanmasıyla birlikte zorunlu eğitim çağını aşmış öğrencilerimizin eğitimi Manisa İş Eğitim Merkezi adı altında yeni binada devam etmiştir. Okulumuz 2013-2014 eğitim öğretim yılında, Öğretmen Şükran Bilginer Özel Eğitim Uygulama Merkezi 1. Kademe'nin binasından ayrılıp 10 Ekim İlkokulu binasında 2 yıl eğitim öğretime devam etmiştir. 2015-2016 eğitim öğretim yılı için ise Manisa Özel Eğitim İş Uygulama Merkezi binasına taşınmıştır. 07.07.2018 tarih ve 30471 sayılı Resmi Gazetede yayınlanarak yürürlüğe giren Özel Eğitim Hizmetleri Yönetmeliği ile isimleri değişmiş, Öğretmen Şükran Bilginer Özel Eğitim Uygulama Okulu 2. Kademe ve Manisa Özel Eğitim Uygulama Okulu 3. Kademe olmuştur. İki okulumuz halen aynı binada eğitim öğretimlerine devam etmektedir.